Uma das críticas que se faz à teoria endossimbiótica que explica o surgimento das mitocôndrias e cloroplastos é a incapacidade de explicar a origem d' "a" característica dos eucariontes: a existência do núcleo. Recentemente, surgiu uma hipótese explicativa do surgimento deste organelo (Martin and Koonin. 2006. Nature 440: 41-45) que recorre à observação de que a tradução é mais rápida que o processamento dos mRNAs. Assim, o núcleo terá surgido do desenvolvimento do sistema endomembranar, originando o envelope nuclear com a característica dupla membrana e continuidade do espaço periplásmico com o lúmen do retículo endoplasmático. Deste modo, separaram-se em compartimentos diferentes os processos de processamento de mRNAs (núcleo) e tradução (citosol). A evolução terá então favorecido os organismos que conseguiram esta separação com eficácia, evitando a tradução de produtos de transcrição sem o devido processamento, ou seja, ainda com intrões. Estes terão surgido a partir das mitocôndrias por um mecanismo de transferência de genes (contendo intrões do grupo II, ou seja, com capacidade enzimática de autoprocessamento) para o genoma do hospedeiro que envolveria lise destas mitocôndrias e manutenção de outras. Assim, estariam criados os primeiros spliceossomas num hospedeiro arquebacteriano que já continha mitocôndrias de origem eubacteriana. Isto implica que o núcleo é uma criação posterior às mitocôndrias.
Afinal os processos endossimbióticos também ajudam a explicar a origem do núcleo. O problema da origem da vida e dos primeiros tipos celulares é a dificuldade em testar as hipóteses. Por isso, todas estas matérias são um pouco especulativas sem, no entanto, estarem fundamentadas em observações e, assim, serem válidas cientificamente. Com o avanço da biologia molecular e biologia celular, vai-se produzindo informação que permitirá validar, ou não, esta hipótese.
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