Mais um Nobel para a biologia molecular, desta vez o da Química, a premiar o trabalho de Roger Kornberg nos estudos mecanísticos da transcrição em células eucarióticas. De acordo com o comunicado da Fundação Nobel, o trabalho de Kornberg possibilitou a compreensão a nível molecular do reconhecimento do promotor, a iniciação da transcrição, translocação do híbrido DNA-RNA após a adição de um novo nucleótido, separação das duas cadeias deste híbrido e especificidade de adição de um novo nucleótido à cadeia de RNA com base no molde de DNA.
Trata-se de conhecimento fundamental numa área fundamental da biologia; a transcrição. É através da regulação da transcrição que as células se diferenciam, dando origem à diversidade celular, funcional e morfológica, dos seres pluricelulares. Uma nota para o modelo experimental, a levedura, usado nesta investigação ao qual também estou ligado. As leveduras servem para algo mais do que para fazer pão, cerveja e vinho!
quarta-feira, outubro 04, 2006
Movimento de livre acesso em progresso
Cinco entidades britânicas financiadoras de investigação científica acabam de anunciar a exigência de publicação dos trabalhos por elas financiados em repositórios de livre acesso. São a "The Medical Research Council", "Biotechnology & Biological Sciences Research Council", "Economic & Social Research Council" e a "National Environmental Research Council". Esta é uma boa notícia para quem tem orçamentos reduzidos para investigar e, claro, para as editoras de livre acesso.
A democratização da informação também está a chegar à ciência.
A democratização da informação também está a chegar à ciência.
terça-feira, outubro 03, 2006
Animações didáticas

Especialmente para os meus alunos das Engenharias Biológica e Biomédica, via o excelente BioCurious, esta animação que resume quase toda a matéria respeitante a Biologia Celular e Molecular. É tentador fazer um exame com a animação a perguntar a identificação dos processos celulares e das moléculas envolvidas.
Um belo exemplo de animação didática feito por uma empresa privada que cria "knowledge through vision".
segunda-feira, outubro 02, 2006
And the Nobel goes to...
O Nobel da medicina acaba de ser atribuído a Andrew Z. Fire e Craig C. Mello pelo seu trabalho na descoberta da interferência de RNA (RNAi). A importância desta descoberta é enorme pelo facto de ser um mecanismo celular envolvido no dogma central da biologia, uma vez que através da RNAi a célula regula o fluxo de informação do genoma até à tradução. Mas é também na ciência aplicada que esta descoberta tem grande impacto. A possibilidade de "desligar" a expressão de genes graças ao uso de pequenas moléculas de RNA em cadeia dupla em que uma das sequências tem especificidade de emparelhamento para o mRNA que se pretende degradar, é já uma realidade na aplicação a células animais. Ou seja, pode-se provocar um fenótipo que seria de um mutante sem manipular o respectivo gene. Por outro lado, o potencial em aplicações médicas é elevado, pois a "correcção" genética pode estar mais perto e o combate a vírus patogénicos pode sair reforçado por silenciamento dos seus genes.
segunda-feira, setembro 25, 2006
Nova fonte de células estaminais
A partir de embriões que pararam as divisões celulares Miodrag Stoijkovic e colaboradores criaram uma linha celular de células estaminais. O problema ético que pode ter sido ultrapassado com esta abordagem é o da possibilidade de destruição de uma vida humana em potência, uma vez que o embrião de que se partiu poderá ser considerado morto. Tal como é referido na notícia, há, no entanto, objecções baseadas na possibilidade da manutenção em laboratório desencadear a paragem de divisões do embrião e, obviamente, por ser difícil de determinar a sua morte (aparentemente a paragem de divisões celulares não será indicador seguro de morte embrionária).
A sensação que dá é a de nunca se conseguir uma abordagem completamente imune às críticas. Pode ser que se chegue lá; este pode ser o início. Há, no entanto, países como a Grã Bretanha que permitem o uso de embriões excedentários da tecnologia de fertilização in vitro como fonte de células estaminais. Previsivelmente, os países em que predomina a religião Católica Romana e, claro, o Vaticano opõem-se, com a curiosa excepção da Alemanha. É interessante também notar a frontalidade e sinceridade de Mariano Gago na sua abordagem na defesa da investigação em células estaminais embrionárias aquando da discussão na União Europeia para a decisão do seu financiamento:
Making an impassioned plea before the vote, the Portuguese science minister, José Mariano Gago, said: "I hope that none of the colleagues will ever need treatment which does not yet exist for dementia or Alzheimer's. If you find yourself in such a position, I hope you will be able to say you did not stand in the way of such research."
Coisa rara em políticos portugueses em Portugal!
A sensação que dá é a de nunca se conseguir uma abordagem completamente imune às críticas. Pode ser que se chegue lá; este pode ser o início. Há, no entanto, países como a Grã Bretanha que permitem o uso de embriões excedentários da tecnologia de fertilização in vitro como fonte de células estaminais. Previsivelmente, os países em que predomina a religião Católica Romana e, claro, o Vaticano opõem-se, com a curiosa excepção da Alemanha. É interessante também notar a frontalidade e sinceridade de Mariano Gago na sua abordagem na defesa da investigação em células estaminais embrionárias aquando da discussão na União Europeia para a decisão do seu financiamento:
Making an impassioned plea before the vote, the Portuguese science minister, José Mariano Gago, said: "I hope that none of the colleagues will ever need treatment which does not yet exist for dementia or Alzheimer's. If you find yourself in such a position, I hope you will be able to say you did not stand in the way of such research."
Coisa rara em políticos portugueses em Portugal!
quarta-feira, setembro 20, 2006
"Vale a pena ir seguindo o caso" III
No seu post mais recente no Blasfémias, intitulado incorrectamente (acho eu) "Evolucionismo vs. Criacionismo: o estado do debate II", João Miranda coloca o evolucionismo em confronto com o criacionismo, mas aquilo que se limita a dizer é considerar que a ciência não é exclusivamente empírica (concordo), havendo uma componente racionalista importante (também). Sinceramente, continuo sem saber aonde é que entra aqui o criacionismo (por isso é que acho que o título está desadequado). Não sei se consciente ou inconscientemente, nesse texto não aparece uma única vez a palavra Deus, o que é de estranhar uma vez que é duma divindade inteligente e criadora do universo e da vida de que se fala quando se evoca o criacionismo.
Em conjecturas puramente teóricas poder-se-á chegar a um desígnio inteligente, a Deus, mas é no confronto com observações, com dados colhidos na experimentação que as conjecturas vão ser postas à prova. No caso do evolucionismo (quando evocado, fala-se de darwinismo), o avanço tremendo das ciências biológicas desde os finais do século XIX, passando pela biologia celular e genética (teoria cromossómica da hereditariedade, por exemplo) e biologia molecular (descoberta da estrutura do DNA, as mutações dos genes, transcrição, tradução, etc) até à genómica (com o advento da tecnologia de sequenciação de DNA em larga escala), o modelo que lhe é subjacente não sofreu praticamente nenhuma beliscadura. Tanto assim é que passou a falar-se de neodarwinismo porque o modelo criado por Darwin foi tão robusto não só resistiu à evolução científica como englobou os novos conhecimentos, a anos-luz de distância do conhecimento científico da sua época. É esta a força da ciência, os modelos teóricos ou conseguem explicar as novas observações (cada vez mais com técnicas analíticas mais refinadas) e mantém-se válidos, ou não os conseguem explicar e são postos de lado. Corrijam-me se estiver errado, mas nunca vi um único dado científico que sugerisse o criacionismo. E não vale avançar com o criacionismo quando se apontam "fragilidades" no evolucionismo; é que o evolucionismo afirma-se pela positiva (as observações vão-no corroborando) e aquilo que me é dado ver é a afirmação do criacionismo pela negativa, ou seja por enumeração de observações que eventualmente não sejam integradas no evolucionismo sem, porém, o refutar.
Em todos os textos científicos que me passam pela frente na minha actividade diária (e suponho que em todos os textos científicos sujeitos credíveis), nunca aparece a palavra Deus ou expressões como "criação espontânea", "desígnio inteligente" ou qualquer expressão que manifeste um propósito existencial duma proteína, de um indivíduo ou de uma espécie. E no entanto a ciência avança!
Em conjecturas puramente teóricas poder-se-á chegar a um desígnio inteligente, a Deus, mas é no confronto com observações, com dados colhidos na experimentação que as conjecturas vão ser postas à prova. No caso do evolucionismo (quando evocado, fala-se de darwinismo), o avanço tremendo das ciências biológicas desde os finais do século XIX, passando pela biologia celular e genética (teoria cromossómica da hereditariedade, por exemplo) e biologia molecular (descoberta da estrutura do DNA, as mutações dos genes, transcrição, tradução, etc) até à genómica (com o advento da tecnologia de sequenciação de DNA em larga escala), o modelo que lhe é subjacente não sofreu praticamente nenhuma beliscadura. Tanto assim é que passou a falar-se de neodarwinismo porque o modelo criado por Darwin foi tão robusto não só resistiu à evolução científica como englobou os novos conhecimentos, a anos-luz de distância do conhecimento científico da sua época. É esta a força da ciência, os modelos teóricos ou conseguem explicar as novas observações (cada vez mais com técnicas analíticas mais refinadas) e mantém-se válidos, ou não os conseguem explicar e são postos de lado. Corrijam-me se estiver errado, mas nunca vi um único dado científico que sugerisse o criacionismo. E não vale avançar com o criacionismo quando se apontam "fragilidades" no evolucionismo; é que o evolucionismo afirma-se pela positiva (as observações vão-no corroborando) e aquilo que me é dado ver é a afirmação do criacionismo pela negativa, ou seja por enumeração de observações que eventualmente não sejam integradas no evolucionismo sem, porém, o refutar.
Em todos os textos científicos que me passam pela frente na minha actividade diária (e suponho que em todos os textos científicos sujeitos credíveis), nunca aparece a palavra Deus ou expressões como "criação espontânea", "desígnio inteligente" ou qualquer expressão que manifeste um propósito existencial duma proteína, de um indivíduo ou de uma espécie. E no entanto a ciência avança!
domingo, setembro 17, 2006
"Vale a pena ir seguindo o caso" II
Confesso que não conheço "a longa história de debates sérios sobre" o criacionismo. Podem argumentar contra a minha posição que eu reconsiderarei se me convencerem, mas chamar ao criacionismo um "assunto intelectualmente sério" parece-me claramente um exagero (no mínimo). E depois não percebo a ligação entre o baixo número de candidaturas de estudantes para alguns cursos de ciências e o criacionismo.
Será melhor esclarecermos as coisas: uma coisa é ciência e outra é fé. A crença numa entidade inteligente criadora do universo e da vida é um assunto religioso, de fé. Não o questiono, pois a fé tem que ver com a consciência de cada um. Em ciência não há recurso a um ser inteligente. Criam-se modelos para tentar explicar as observações. Enquanto os modelos conseguirem explicar as observações e até possibilitarem prever resultados de experiências, serão válidos. Quando deixam de explicar as observações, fica-se num impasse mas recorre-se a outro modelo (nunca a Deus). É verdade que os modelos científicos não são perfeitos, mas daí a ver neles Deus (criacionismo) vai uma grande diferença.
O que me assusta nisto tudo não é os dados científicos serem discutidos e até rebatidos. É, sim, a classificação do criacionismo como algo cientificamente válido como parece ser a atitude de João Miranda. Daqui até começarem a fazer pressão para que o criacionismo seja ensinado nas aulas de ciências, é só um passo. Se me impuserem isso, desobedeço ou emigro.
Será melhor esclarecermos as coisas: uma coisa é ciência e outra é fé. A crença numa entidade inteligente criadora do universo e da vida é um assunto religioso, de fé. Não o questiono, pois a fé tem que ver com a consciência de cada um. Em ciência não há recurso a um ser inteligente. Criam-se modelos para tentar explicar as observações. Enquanto os modelos conseguirem explicar as observações e até possibilitarem prever resultados de experiências, serão válidos. Quando deixam de explicar as observações, fica-se num impasse mas recorre-se a outro modelo (nunca a Deus). É verdade que os modelos científicos não são perfeitos, mas daí a ver neles Deus (criacionismo) vai uma grande diferença.
O que me assusta nisto tudo não é os dados científicos serem discutidos e até rebatidos. É, sim, a classificação do criacionismo como algo cientificamente válido como parece ser a atitude de João Miranda. Daqui até começarem a fazer pressão para que o criacionismo seja ensinado nas aulas de ciências, é só um passo. Se me impuserem isso, desobedeço ou emigro.
sexta-feira, setembro 08, 2006
"Vale a pena ir seguindo o caso"
É assim que termina a crónica de hoje (sexta-feira, dia 8) de Vasco Pulido Valente no Público dedicada à discussão do criacionismo promovida pelo Papa Bento XVI. Estava convencido de que este fosse um problema exclusivo dos EUA em que conceituados cientistas e sociedades científicas travam uma batalha contra o ensino do desígnio inteligente em aulas de ciência. Esta iniciativa papal poderá dar força a alguma espécie de movimento de pressão para que se comece a questionar o ensino de ciência nas nossas escolas. A avaliar pelo artigo, no mesmo jornal, de Jónatas Machado, o poder de argumentação retórica na negação do método científico é grande. Numa sociedade em que abunda iliteracia e desinteresse pela ciência como a nossa, o criacionismo pode ir ganhando terreno. O artigo de J. Machado é um exemplo típico na defesa do desígnio inteligente. A explicação de todas as observações sobre história natural (registo fóssil, homologia de sequências de genes e proteínas entre seres vivos, por exemplo) com base num modelo que não pode ser testado (ser superior inteligente que criou e supervisiona a evolução), tem sido refutada desde há algumas décadas por Karl Popper. Não vale a pena refutar ponto a ponto as barbaridades científicas do artigo mas há uma frase de J. Machado que diz tudo: "As mutações e a selecção natural operam em informação preexistente, estando longe de explicar a origem da vida e a transformação de moléculas em pessoas" (o negrito é meu). Parece-me ver aqui implícito um vazio existencial pelo facto de nós, humanos, afinal podermos ser constituidos por matéria que também faz parte do resto do universo.
É perigoso este discurso dogmático embrulhado em argumentação científica manhosa (em que não faltam expressões típicas da gíria científica; fica bem). Vasco Pulido Valente tem razão: "Vale a pena ir seguindo o caso".
É perigoso este discurso dogmático embrulhado em argumentação científica manhosa (em que não faltam expressões típicas da gíria científica; fica bem). Vasco Pulido Valente tem razão: "Vale a pena ir seguindo o caso".
quinta-feira, agosto 24, 2006
Células estaminais embrionárias sem problemas éticos?
As barreiras éticas à manipulação de embriões humanos com vista à obtenção de células estaminais embrionárias ficam agora fortemente diminuidas com a possibilidade de as colher quando o embrião tem 4 a 8 células sem comprometer a sua viabilidade (de modo semelhante ao procedimento para teste de doenças genéticas) e de se manterem em cultura (mais de 8 meses de acordo com o estudo publicado na Nature) com cariótipo normal e manutenção da expressão dos marcadores de pluripotência. No entanto parece que ainda há reservas a nível ético porque estas células têm o potencial de produzir novos embriões...
domingo, agosto 20, 2006
The major transitions

A tese de John Maynard Smith e Eors Szathmáry é a de que a evolução depende de mudanças da informação que é transmitida entre gerações; as "major transitions".
São elas:
moléculas replicadoras - populações de moléculas em protocélulas
replicadores independentes - cromossomas
RNA como gene e enzima - genes de DNA e enzimas proteicas
procariontes - eucariontes
clones assexuais - populações sexuais
organismos unicelulares - animais, plantas e fungos
indivíduos solitários - colónias com castas não reprodutivas (formigas, abelhas e térmitas)
sociedades de primatas - sociedades humanas (linguagem)
Em todas estas transições há alterações na informação hereditária que é coincidente com passos evolutivos marcantes na história natural. É isto que em "The origins of life" (Oxford University Press, 1999), destinado ao público em geral, os autores apresentam numa escrita clara, precisa e de um rigor científico extremo (um exemplo excelente numa obra de divulgação geral). É notável o cuidado posto na análise de cada transição, decompondo-a em passos simples (pois a evolução é gradual), e a avaliação das vantagens evolutivas em cada um desses passos sem, por exemplo, cair na tentação de justificar cada passo com a vantagem atingida no final de toda a transição (afinal no processo evolutivo não há capacidade de previsão duma possível vantagem que possa advir de vários passos evolutivos em cadeia). Apenas a parte destinada ao surgimento do sexo me pareceu pouco clara. Ainda não li a obra que lhe deu origem "The major transitions in evolution" (Oxford University Press, 1995), destinada a um público com conhecimentos de biologia, mas já está na lista de leituras.
sábado, julho 22, 2006
Investigação em células estaminais
No excelente Crítica na Rede (Revista de Filosofia e Ensino), sob a direcção de Desidério Murcho, um ensaio de Lisa Bortolotti e John Harris em que se defende a "permissibilidade da investigação em células estaminais". Como tudo o que surge no Crítica na Rede, um ensaio intelectualmente estimulante.
Tradução da autoria de Claudino Caridade do original publicado no Reproductive BioMedicine Online, Vol. 10, Sup. 1, 2005, pp. 68–75.
Tradução da autoria de Claudino Caridade do original publicado no Reproductive BioMedicine Online, Vol. 10, Sup. 1, 2005, pp. 68–75.
domingo, julho 09, 2006
Xgrid@Stanford

Neste projecto são mais de 500 computadores (estatística de Setembro de 2005) em rede para criar um modelo das mudanças conformacionais do receptor beta2 adrenérgico sediado no Departamento de Fisiologia Molecular e celular da Universidade de Stanford. Baseia-se na aplicação Xgrid criada pela Apple para estes sistemas de computação distribuída. Há universidades que criaram estes sistemas para aproveitar os computadores do Campus quando não estão em uso e dedicá-los à computação aplicada na investigação. Outra aplicação é o cálculo @home de que o SETI@home e Folding@Home, com software rival, são exemplos. Para o Xgrid@Stanford até já há um Widget para se saber a actividade do processador dedicada à tarefa e que foi criado por dois conhecidos estudantes de pós-graduação Mac-fanáticos e já premiados pela Apple.
domingo, julho 02, 2006
O mundo dos micróbios é um mundo!

No alerta periódico que recebo da Molecular Microbiology dei com um artigo que me chamou a atenção sobre uma alternativa ao ciclo do glioxilato. No resumo é descrito numa maneira simples e clara o problema do anabolismo quando os substratos orgânicos são metabolizados via acetil-CoA. Foi Kornberg e Krebs em 1957 quem elucidou o mecanismo de assimilação através da via do glioxilato. O problema científico que é abordado no trabalho que deu origem ao artigo é o da bactéria Rhodobacter sphaeroides, à semelhança de outras, não possuir a enzima chave deste ciclo que permite a utilização de acetil-CoA: a isocitrato liase. Os autores (Alber, Spanheimer, Ebenau-Jehle e Fuchs) demonstraram a existência duma alternativa ao ciclo do glioxilato nesta bactéria, recorrendo a mutagénese por transposões e a electroforese bidimensional. Este sistema biológico promove a conversão de acetil-CoA, juntamente com dióxido de carbono, em L-malil-CoA e succinil-CoA.
Isto deixou-me a pensar na diversidade metabólica das bactérias. Foi S.J.Gould que referiu que elas representam a história de maior sucesso evolutivo. Pesquisei um pouco sobre R. sphaeroides e verifiquei que a diversidade metabólica pode residir numa só espécie; é capaz de fotossíntese, litotrofia, respiração aeróbica e anaeróbica e fixar azoto molecular. Espantoso ainda é possuir 2 cromossomas, sugerindo ancestralidade na diploidia. Além dos cromossomas, possui 5 outros replicons. O seu genoma já foi sequenciado e já se encontrou duplicação de segmentos e divergência de genes em cromossomas diferentes. Este é um modelo biológico que promete.
terça-feira, junho 27, 2006
Isto pode ser útil!

Acabado da sair na Bioinformatics um artigo (Klekota, Roth and Schreiber. 2006. Query Chem: a Google-powered web search combining text and chemical structures. Bioinformatics. 22:1670-1673) sobre a criação do Query Chem, um programa de pesquisa na internet de compostos com base em texto e/ou estrutura química. Pode-se fazer a pesquisa desenhando uma estruttura molecular numa aplicação incorporada no Query Chem.
Mais Wikis

As potencialidades de edição de conteúdos na internet, com os wikis, já alastraram, há muito, à área científica. Baseados no software MediaWiki encontra-se o Wikispecies (na imagem com a página referente a Saccharomyces cerevisiae) que pretende ser um directório de espécies e o OpenWetWare a que já me referi aqui. Baseado no UniWakka há o ChemWiki sobre química. O OpenWetWare tem-se mantido e tem aumentado os conteúdos, incluindo agora a divulgação de cursos, grupos de investigação, software e de discussão para além do que já tinha: protocolos, estirpes, vectores de clonagem, etc. Aqui está uma ferramenta de trabalho utilíssima em que participa um dos animadores do Conta Natura e do Blogs de Ciência!
sexta-feira, junho 16, 2006
O guardião do genoma

Esta é uma das designações para a proteína p53 (representada na figura) devido ao seu papel múltiplo na regulação do ciclo celular, na morte celular programada (apoptose) e na manutenção da estabilidade genética. Em cerca de metade dos cancros humanos o gene que codifica esta proteína está mutado (daí a classificação em gene supressor de tumores). Basicamente, esta proteína participa na verificação do bom estado do genoma, fazendo com que, se não há erros detectados, a célula progrida no ciclo celular (entrada na fase S - de síntese de DNA). Deste modo tudo corre bem; o DNA está em bom estado, logo pode ser replicado para a célula se dividir e a informação genética das duas células formadas ser igual. Se há erros no DNA, a p53 participa na paragem do ciclo celular, permitindo a actuação dos mecanismos moleculares de reparação de danos de DNA. Se estes não repararem o DNA (em caso de danos extensos, por exemplo), então a p53 participa na indução da apoptose, ficando o organismo livre daquele problema.
Uma das características das células tumorais é a de basearem o metabolismo energético na glicólise em vez de procederem à respiração. Com isto ganham vantagem em relação às células não tumorais, pois, apesar de ser um processo menos eficiente energeticamente, a glicólise permite a disponibilização de energia (ATP) rapidamente para um desenvolvimento rápido (o chamado efeito Warburg). As leveduras têm um efeito semelhante (efeito Crabtree) que é caracterizado pela realização de fermentação (alcoólica) mesmo na presença de oxigénio. Aqui também há uma vantagem na competição por nutrientes, por exemplo em mostos de vinhos, em que a população microbiana é diversa. A Saccharomyces cerevisiae usa a esperteza de fermentar rapidamente os açúcares, diminuindo a sua disponibilidade para outros microrganismos que os poderiam respirar e, simultaneamente, produzir o veneno etanol que toleram melhor que os outros.
Tudo isto vem a propósito da publicação na Science de um trabalho em que se apresenta uma relação entre a p53 e respiração mitocondrial. Matoba e colaboradores observaram que a inactivação do gene SCO2, um regulador do complexo citocromo c oxidase (essencial para a respiração aeróbia nas mitocôndrias) provoca o mesmo desvio no metabolismo energético que a inactivação do gene que codifica para a p53. Cá está, mais um processo em que a p53 estará envolvida: regulação do efeito Warburg. Na verdade, isto está tudo ligado uma vez que a apoptose pode ser induzida por sinais endógenos como a libertação da citocromo c oxidase das mitocôndrias.
domingo, junho 11, 2006
Estou a chegar ao fim da peregrinação

Uma visão peculiar da evolução em que, tomando-se como ponto de partida o ser humano moderno, se vai "caminhando" para trás, passando-se por encontros nos pontos de divergência evolutiva em que se encontra o antepassado comum (designado concestor de common ancestor). É esta a estrutura do mais recente livro de Richard Dawkins, The Ancestor's Tale; A Pilgrimage to the Dawn of Life, Phoenix, 2004. São 39 os encontros (rendez-vous) até às eubactérias. O modelo foi tirado dos Contos de Canterbury de Geoffrey Chaucer, peregrinação em que cada peregrino conta dois contos dos quais se tiram lições morais. Em tudo, R. Dawkins obedece a este "modelo": a cada rendez-vous conta histórias respeitantes aos organismos e ao grupo filogenético que acaba de se nos reunir e dos quais ficamos a saber um pouco mais e tiramos lições (não são morais mas sobre o sentido da evolução, da selecção natural, biologia molecular e de história natural).
Quando percorria as páginas do rendez-vous 38 referente ao encontro dos eucariontes com as arquebactérias, senti duma maneira nova a longa caminhada já percorrida desde os encontros com outros primatas, mamíferos, répteis, anfíbios, peixes, fungos, plantas.... Será pela abordagem (história contada em sentido cronológico inverso o que nos obriga a repensar e reestruturar tudo aquilo que sabíamos), pela escrita clara, precisa e rigorosa (as descrições dos átomos e respectivos isótopos e o seu percurso no planeta quando explica os métodos de datação com base nos isótopos radioactivos são sublimes) e até pela extensão (cerca de 600 páginas na versão paperback inglesa) que nos leva a estar "mergulhados" nesta lenta peregrinação ao longo de muitas sessões de leitura e ter alguma percepção da escala de tempo geológico (demasiado grande para a nossa curta existência como indivíduos e espécie) e também tomar consciência dos caminhos que a evolução trilhou. Há muitos rendez-vous em que a data e até os organismos com que nos encontramos não estão bem determinados, em especial para os últimos, ou seja, nas primeiras bifurcações evolutivas. Nestes casos, R. Dawkins dá-nos uma visão mais pessoal em conjunto com reflexões sobre os métodos de estudo em paleontologia: registo fóssil, datação radioactiva e abordagens moleculares de homologias de sequência entre genes e proteínas (está sempre presente o cruzamento de dados entre as abordagens "clássicas" e moleculares). Um exemplo é a explosão do Câmbrico em que a datação molecular não "concorda" com os outros métodos porque para acontecimentos muito antigos (mais de 500 milhões de anos), os erros dos métodos dão margens que, mesmo geologicamente, não são de desprezar. Aqui a grande discussão é entre a ausência de explosão (a diversidade que aparentemente surge neste período virá de facto de um passado que não deixou registo fóssil), explosão de diversidade (a diversidade surgiu de um dia para o outro na escala geológica) defendida por Stephen Jay Gould (A Vida é Bela, Gradiva) e o meio termo que se baseia precisamente nas margens de erro das datações. De uma maneira talvez pouco sensacionalista (pelo menos para mim após a leitura, há alguns anos, do livro de S.J. Gould com a sua capacidade de fascinar), mas eventualmente mais realística, R. Dawkins rejeita a hipótese da explosão.
Os aspectos distintivos dos seres que se encontram, à medida que se percorre o tempo para trás, são cada vez mais em pequena escala. Por exemplo, antes do encontro com os Sauropsides (englobando aves e os répteis como cobras, camaleões, crocodilos e tartarugas), encontramos organismos com características mistas, "macroscópicas", de mamíferos e répteis como a existência de cloaca, mandíbula inferior de um só osso, pêlo e postura de ovos. No encontro com as arquebactérias, as características já são a existência de núcleo e outros organelos nas células. Agora que estou em Canterbury (nesta parte final da peregrinação não há rendez-vous, é a origem da vida), a discussão anda à volta do primeiro replicador; a primeira molécula que, ainda sem existência de sistemas celulares, tem a capacidade de produzir cópias de si própria. Ou seja, no fim (início da história natural) temos química. Aqui a discussão feita por R. Dawkins sobre o mundo de RNA é à altura daquilo que nos habituou. A caracterização que faz do primeiro replicador é simplesmente notável. Está lá tudo: o erro (sem o erro na cópia não há variabilidade e sem esta não há evolução pois não há possibilidade de adaptação às condições ambientais em mudança), os constrangimentos das dimensões dos genomas (o que explica porque é que os genomas de RNA estão confinados a vírus devido à elevada taxa de erro de cópia do RNA) e o problema do ovo e da galinha para o primeiro replicador (a necessidade de proteínas para a replicação do DNA e a necessidade de DNA para haver proteínas).
Poder-se-à criticar que a história natural contada por Dawkins não é novidade, sendo a única originalidade o facto de ser contada ao contrário (o que acho que já é interessante por causa da nova perspectiva que isso provoca). No entanto, as histórias dos peregrinos que contavam na obra de Chaucer são aqui utilizadas como pretexto para reflexões sobre história natural e as abordagens técnicas em paleontologia, que neste contexto adquirem um sentido que nunca tinha experimentado.
A ler, absolutamente.
terça-feira, junho 06, 2006
"RNA world"
É um mundo o RNA! Já lá vão os tempos do espanto perante a versatilidade funcional como molécula portadora de informação, como molécula estrutural (em ribossomas, por exemplo) e como catalisador (ribozimas), que permitiu atribuir-lhe o papel de primeiro replicador para ultrapassar o dilema do ovo e da galinha (analogia empregue ao DNA e proteína na disputa de primeiro replicador nos primórdios da vida na Terra). Também já passou a incredulidade inicial do fenómeno de interferência de RNA em que pequenas moléculas de RNA, com complementaridade de sequência para um determinado mRNA, associam-se por emparelhamento de bases e desencadeiam a degradação do mRNA alvo, promovendo o silenciamento de genes que poderão ser de organismos invasores. Surge agora o piRNA (Piwi interacting RNA) encontrado nos testículos de ratos e humanos que parece estar envolvido na divisão meiótica que dá origem aos gâmetas masculinos.
Há também o "rumor" que há RNAs a desafiar as regras da herança genética. Este é um assunto a explorar uma vez que o artigo está disponível apenas para subscritores Premium da Nature. Mas pronto, já nada me espanta!
Há também o "rumor" que há RNAs a desafiar as regras da herança genética. Este é um assunto a explorar uma vez que o artigo está disponível apenas para subscritores Premium da Nature. Mas pronto, já nada me espanta!
terça-feira, maio 23, 2006
Começa por C

Está terminada a sequenciação do genoma humano. O último cromossoma a ser totalmente sequenciado foi precisamente o primeiro. Descontando o telómero, com sequências repetitivas, começa por C. É o que é referido como consensual de acordo com os dados da sequenciação do genoma humano, terminado agora com a publicação da sequência do cromossoma 1, o maior com cerca de 8% de todo o genoma. Há 350 doenças genéticas ligadas a este cromossoma que, estima-se, contém 3141 genes. Embora já tenha começado há muito, pode-se dizer que começou oficialmente a era pós-genómica humana.
quinta-feira, maio 11, 2006
Software de Biologia para Macintosh

Via BioCurious fiquei a saber quem são os autores de algum do software de biologia molecular mais fácil de usar e apelativo para Mac OSX (o facto de ser em Mac OSX também ajuda, e muito!). O EnzymeX e o 4Peaks, respectivamente um editor de DNA para programar experiências de digestão com enzimas de restrição (fundamental para clonagem molecular) e um visualizador de sequências de DNA com possibilidade de tradução para sequência de aminoácidos e com BLAST incorporado para pesquisa de sequências homólogas em bases de dados. São eles Alexande Griekspoor e Tom Groothuis, dois estudantes de doutoramento do Instituto do Cancro da Holanda que já ganharam o prémio o Apple Design Award na categoria de estudantes pelo 4Peaks na World Wide Developer Conference da Apple, em 2004. O aspecto do blogue e dos sites dedicados à biografia e aos seus produtos são um exemplo da qualidade gráfica e gosto dos fanáticos Mac. Embora já não aconteça tanto, costuma-se dizer que não há software para Mac. Uma pesquisa no site da Apple de software para Mac na categoria de Ciências da Vida dá 109 resultados. É só escolher...
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